Tato metoda se používá méně často než ostatní. Jeho hlavním účelem je potlačení fytopatogenních hub a bakterií nacházejících se v půdě.
Rozlišují se tyto půdní houby: trvalé – saprofyty – s širokým spektrem hostitelských rostlin, jejich parazitismus je nahodilý (obývají především svrchní 15centimetrovou vrstvu půdy); dočasné – vysoce specializovaní parazité, kteří nemohou přežít v půdě v nepřítomnosti hostitele; pseudo-permanentní – specializovaní parazité, kteří mohou existovat bez hostitele, protože mají klidové formy. Tyto populace mikroorganismů jsou v dynamické ekologické rovnováze, která se vlivem chemikálií vnášených do půdy posouvá jedním či druhým směrem. Stálí obyvatelé jsou labilnější a brzy po ošetření znovu osídlují půdu. Zejména bylo zjištěno, že bakterie se v takových půdách usazují mnohem dříve než jiné mikroorganismy a jejich počet je zde vyšší než v neošetřených půdách. To se vysvětluje nejen rychlým množením bakterií, ale také tvorbou amoniaku, který usnadňuje snadnější vstřebávání organických látek.
Používají speciální přípravky, které mají silný eradikační účinek (některé z nich se nazývají půdní fumiganty), dále ochranné kontaktní a systémové fungicidy.
Existují různé způsoby použití fumigantů: kontinuální aplikace práškových látek s následnou zálivkou nebo kontinuální aplikace ve formě vodné suspenze; páska (řada) – vstřikováním traktorovým fumigátorem, zaléváním do vpichů apod. Účinek závisí na rozpustnosti toxické složky ve vodě nebo její těkavosti. Půdní fumiganty nemají selektivní účinek (potlačují plísně, bakterie, škodlivý hmyz, plevele a mají také silný fytocidní účinek), proto mezi jejich aplikací do půdy a výsevem uplyne doba nutná k úplnému chemickému a biologickému zničení a zvětrávání toxické látky musí projít. Za příznivých podmínek je to 10-14 dní, za nepříznivých podmínek až 40.
Ochranné kontaktní fungicidy se používají k dezinfekci půdy před i po setí zálivkou suspenzí, ošetřením suchými látkami s následnou zálivkou a mechanickým promícháním s půdou. Používá se kontinuální a řádková aplikace. Zvláště efektivní je aplikovat jej do řádku současně s výsevem semen, protože to umožňuje snížit spotřebu drogy na jednotku plochy. Droga je distribuována v oblasti výskytu semenáčků a kořenů.
Systémové fungicidy se aplikují do půdy současně s výsevem semen a v období vzcházení. Na poli při zavlažování brázd, ve sklenících, se fungicidy aplikují závlahovou vodou (v druhém případě přímou závlahou nebo pomocí automatizovaného závlahového systému). Fungicid musí být umístěn v oblasti, kde se vyskytuje kořenový systém, a půda musí být udržována vlhká, protože systémové fungicidy nejsou absorbovány kořeny rostlin ze suché půdy.
Účinnost fungicidů při aplikaci do půdy závisí na rovnoměrnosti distribuce, době působení, teplotě a vlhkosti půdy, jejím typu, přítomnosti organické hmoty, složení mikroflóry apod. Obecné požadavky při aplikaci fungicidů na půda je následující: půda musí být dobře připravená a nesmí obsahovat hrudky a čerstvé organické zbytky; fumiganty by měly být používány v období, kdy je obsah půdní vlhkosti 60-80 % MPV;
kontaktní a systémové fungicidy je nutné aplikovat na suchou půdu a poté zalévat; Optimální teplota půdy pro aplikaci fungicidů je 10-27 C.
Chemikálie v půdě je schopna reagovat s různými organickými sloučeninami a také být sorbována malými jílovými částicemi a organickými koloidy, což snižuje její labilitu. V tomto případě jsou kladně nabité ionty (kationty) sorbovány jílovými částicemi a nenabité jsou sorbovány organickými koloidy. Půdy, které obsahují velké množství těchto složek, jsou schopny lépe sorbovat pesticid, ale neztrácí svou fungicidní aktivitu v sorbovaném stavu ani po desorpci.
